2015-ben a világ a pusztulás szélén áll. Az emberiség utolsó reménye az Egyesült Nemzetek Szervezete alatt működő különleges ügynökség, a Nerv és az Evangelionjaik, óriási gépek kezében rejlik, amelyek képesek legyőzni a Föld tönkremenetelét hirdető angyalokat. Gendou Ikari, a szervezet vezetője kompatibilis pilótákat keres, akik szinkronizálni tudnak az evangéliumokkal és megvalósíthatják valódi lehetőségeiket. Ebben a védekező törekvésben segítenek a tehetséges személyzet Misato Katsuragi, a taktikai műveletek vezetője és Ritsuko Akagi, a fő tudós.